A Igreja de Nossa Senhora da Penha é uma das seis igrejas de toda a Cidade Baixa construída a beira-mar. As outras são: a Igreja de Nossa Senhora de Monte Serrat, Nossa Senhora da Boa Viagem, Nossa Senhora da Conceição da Praia, Igreja de São Joaquim e Igreja da Santíssima Trindade dos Cativos. Ao que tudo indica, à medida que a Cidade Baixa se consolidava como área urbana habitável, uma igreja era logo construída.Nossa Senhora da Penha é a mesma Nossa Senhora da Penha de França, cuja imagem vemos acima. O nome “penha” significa penhasco ou rochedo. Diz-se que na Espanha existe uma serra chamada “Penha de França”. Lá foi encontrada a imagem da santa. Daí o seu nome.
A de Itapagipe do Senhor do Bonfim poderia ser chamada Nossa Senhora da Penha da Praia, da mesma forma que Nossa Senhora da Conceição da Praia, ambas construidas em frente ao mar. A da Conceição tinha em frente a Enseada da Preguiça. A da Penha, o principio da Enseada dos Tainheiros.
Foi construída em 1742 por iniciativa do Arcebispo D. José Botelho de Matos como capela de seu palácio de verão, ao lado. As duas unidades são ligadas por uma “loggia” com galeria superposta. Além do mais, existe uma área interna totalmente ajardinada encimada por palmeiras imperiais.
